В Усть-Коксинском аймаке (Усть-Коксинском районе) финансовый орган были образован 12 сентября 1927 г. на основании постановления Ойротского облисполкома, и назывался – финансово - налоговый отдел. Задача финансово-налогового отдела состояла в проведении счетно-налоговых работ.
В 1930 г. финансово-налоговые отделы были разделены на финансовые отделы и налоговые инспекции. В своей деятельности аймачные финансовые отделы подчинялись исполнительным комитетам аймачных Советов депутатов трудящихся Ойротской автономной области. Усть-Коксинский финансовый отдел находился в подчинении исполнительного комитета Усть-Коксинского (до 1933 г. Уймонского) аймачного Совета депутатов трудящихся Ойротской автономной области.
С января 1948 г., в связи с переименованием Ойротской автономной области (Указ Президиума Верховного Совета РСФСР от 07.01.48) в Горно-Алтайскую автономную область, финансовые отделы области, в том числе и Усть-Коксинский, были переименованы в финансовые отделы исполнительных комитетов аймачных Советов депутатов трудящихся Горно-Алтайской автономной области.
Указом президиума Верховного Совета РСФСР от 01 февраля 1963 года Усть-Коксинский аймак ликвидирован, а его территория отошла к Усть-Канскому аймаку. Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 4 марта 1964 г. был вновь образован Усть-Коксинский район с центром в с. Усть-Кокса. Территория, ранее принадлежавшая району, выделена из состава Усть-Канского района.
14 марта 1963 г. аймаки переименованы в районы. Финансовый отдел стал называться – финансовый отдел исполнительного комитета Усть-Коксинского районного Совета депутатов трудящихся.
С октября 1977 г. финансовые органы переименованы в финансовые отделы исполнительных комитетов районных Советов народных депутатов. Соответственно Усть-Коксинский финансовый отдел стал называться финансовым отделом Усть-Коксинского исполнительного комитета районного Совета народных депутатов.
20 марта 1992 г., согласно решения шестой сессии Усть-Коксинского районного Совета народных депутатов, Усть-Коксинский райисполком был преобразован в Усть-Коксинскую районную администрацию. Соответственно финансовый орган района стал называться финансовым отделом администрации Усть-Коксинского района, такое название сохранилось за отделом до января 2003 года.
Согласно Закону Республики Алтай «Об образовании муниципальных образований города и районов Республики Алтай» от 24 сентября 2002 г. № 6-49 на территории Республики Алтай были образованы одиннадцать муниципальных районов и город Горно-Алтайск, в том числе и муниципальное образование «Усть-Коксинский район».
4 января 2003 г. был зарегистрирован Устав муниципального образования «Усть-Коксинский район». Соответственно с января 2003 г. финансовый отдел стал называться финансовый отдел администрации муниципального образования «Усть-Коксинский район».
На основании решения № 4-8 от 22 апреля 2003 г. и постановления Главы МО «Усть-Коксинский район» № 423 от 27.10.2003 г. финансовый отдел переименован в финансовое управление администрации МО «Усть-Коксинский район».
Финансовый отдел возглавляет начальник отдела, (до 1992 г. заведующий отделом). Он осуществляет общее руководство отделом, несет персональную ответственность за выполнение задач, возложенных на отдел. С 1940 г. удалось восстановить фамилии всех заведующих и начальников финансового отдела:
Комаров – дата вступления в должность не установлена, работал до 19 июля 1941 г.
Андреев Сергей Владимирович - с 19 июля 1941 г. по 9 августа 1941 г.
Хавин Федор Назарович – с 9 августа 1941 г. по 24 ноября 1941 г.
Енников Прохор Васильевич с 24 ноября 1941 г. по 11 января 1942 г.
Коробов Михаил Анисимович с 11 января 1942 г. по 14 февраля 1943 г.
Большаков Назар Егорович с 14 февраля 1943 г. по 6 марта 1943 г.
Горобчин Петр Карпович с 6 марта 1943 г. по 22 сентября 1943 г.
Шашкин Мефодий Павлович с 22 сентября 1943 г. по 20 октября 1952г.
Тужеметов с 20 октября 1952 г. по 3 декабря 1954 г.
Долгов Н. с 3 декабря 1954 г. по 27 мая 1955 г.
Сумачаков А. с 27 мая 1955 г. по 5 сентября 1961 г.
Курыкин И. с 15 сентября 1961 г. по февраль 1963 г.
Шашкин Мефодий Павлович с 15 марта 1964 г. по 25 сентября 1969 г.
Бабышев Н.с 25 сентября 1969 г. по 6 ноября 1970 г.
Митрофанов Петр Иванович с 6 ноября 1970 г. по 10 сентября 1982 г.
Клепиков Григорий Куприянович с 10 сентября 1982 г. по 20 июля 1983 г.
Бадеева Валентина Ивановна с 20 июля 1983 г. по январь 1996 г.
Муранова Елена Алексеевна с 19 февраля 1996 г. по18 августа 2002 г.
С 19 августа 2002 года – Фролова Ольга Дмитриевна.